Waarom is de omikronvariant zo verschillend?

Ongerustheid is er omdat de nieuwe variant zo sterk verschilt van zijn recente voorgangers. Het genoom telt een vijftigtal mutaties ten opzichte van het oorspronkelijke virus dat in Wuhan opdook. Daarvan betreffen er dertig het spike-eiwit. Veel van die veranderingen bevinden zich in het receptor binding domain, waarmee het spike-eiwit zich vastzet op de ace2-receptor van de gastheercel. (1) De verwantschap met alle recente varianten, zoals delta of bèta, is zeer beperkt. Onderzoekers slaan die ommezwaai geïntrigeerd gade. Hoe is het mogelijk dat een zo plotse verandering optreedt in het genoom van een virus? Vanuit genetisch onderzoek dringt de conclusie zich op dat omikron niet echt een afstammeling is van de varianten die de jongste maanden circuleerden. De Amerikaanse viroloog Trevor Bedford vertelde in een interview met nieuwssite npr dat de virale sequens die het dichtst bij de omikronvariant staat, afkomstig is van een variant die circuleerde rond het midden van 2020, meer dan een jaar geleden. Sindsdien heeft niemand een spoor gevonden van de intermediaire versies die men zou verwachten op het traject naar de omikronvariant. Gezegd mag ook dat er toch nog een aanzienlijke afstand gaapt tussen het genoom van die oudere variant en dat van de omikronvariant (2). Een eerste hypothese waarnaar Trevor Bedford verwijst, oppert dat het virus uit het midden van 2020 misschien overgesprongen is naar een dier. Binnen die diersoort zou het geëvolueerd zijn, om dan recentelijk weer - grondig gemuteerd - over te springen naar de mens. De Amerikaanse viroloog denkt echter niet dat deze hypothese de realiteit weerspiegelt. Als het virus bij een dier langsgegaan was, zo zegt hij, dan zouden we in het genoom van de omicronvariant genetisch materiaal van een dier gevonden hebben. Maar men vindt daar alleen menselijk RNA, waaruit blijkt dat de evolutie plaatsgevonden heeft binnen een menselijke populatie. Suresh Kuchipudi, professor 'Emerging diseases' aan de Penn State University, is de zoönotische hypothese toch een stukje meer genegen. Op nieuwsite 'The Conversation' herinnert hij eraan dat het SARS-CoV-2 gevonden is bij nertsen, tijgers, leeuwen, katten en honden (3). Hij en zijn team ontdekten uitgebreide besmettingshaarden bij witstaartherten in de VS, zowel in het wild als in gevangenschap. De onderzoekers melden dat in een studie die nog niet peer-reviewed is. Een tweede mogelijke hypothese die Trevor Bedford aanhaalt, stelt dat de variant van het midden van het jaar 2020 gaan circuleren is in een menselijke populatie waar er weinig gemonitord wordt - ergens in het zuiden van het Afrikaanse continent? Men spreekt van 'cryptic spread'. Het virus zou op die manier onder de radar geëvolueerd zijn tot het zo veel mutaties had verzameld dat het, wegens verhoogde besmettelijkheid, wel moest overspringen naar de bredere gemeenschap. Maar ook daar hecht de viroloog zelf niet veel geloof aan. Hij denkt immers dat een virus niet zomaar ineens kan evolueren van een relatief weinig besmettelijk agens, dat netjes binnen de grenzen van zijn gemeenschap blijft, tot een zeer besmettelijke variant die plots verschillende delen van de wereld aandoet voor we er erg in hebben. Daar moeten we toch een kanttekening bij maken: de vraagstelling was hoe het komt dat de omikronvariant zo sterk verschilt van de vorige varianten. Zijn oversprong van een besloten naar een bredere gemeenschap kan mogelijk toeval zijn, wat de geldigheid van de cryptic-spread- hypothese niet aantast. Een derde hypothese gaat ervan uit dat de hele evolutie van de 2020-variant tot de omikron-versie zich afgespeeld heeft in het lichaam van één patiënt. Dat zou een patiënt met een deficiënt immuunsysteem kunnen zijn, bijvoorbeeld een hiv-positieve patiënt. Het immuunsysteem zou in dat geval sterk genoeg zijn om het virus onder controle te houden, maar niet sterk genoeg om het uit te schakelen. Trevor Bedford ziet heel wat in deze hypothese. Hij wordt daarin bijgetreden door Richard Lessells van de universiteit van Durban, die deel uitmaakt van het team dat de omikronvariant identificeerde. Lessells en medewerkers hebben zelf op zeker ogenblik bloedstalen geanalyseerd van een vrouw met een hiv-infectie die met het SARS-CoV-2 besmet was, en bij wie achteraf bleek dat haar hiv-behandeling door een samenloop van omstandigheden niet naar behoren verliep. Over een periode van zes maanden zagen ze bij die patiënte het virus persisteren en varianten ontstaan die vergelijkbaar waren met de onrustwekkende varianten (variants of concern) die zich de jongste maanden over de wereld verspreid hebben.