...

Sinds het begin van de Covid-19-pandemie werd een onwaarschijnlijk groot aantal sequenties van het genoom van het SARS-CoV-2 gepubliceerd. Dat maakt het mogelijk het fylogenetische patroon van verspreiding van het virus in de wereld in kaart te brengen en mutaties van het virus op te sporen. Plaatselijk wordt het dan ook mogelijk specifiek clusters van besmetting te identificeren zodat die mensen kunnen worden gevolgd. In die zin is sequencing een aanvulling op contactopsporing. Het team menselijke genetica van prof. Vincent Bours aan het GIGA van de Universiteit van Luik heeft in samenwerking met de afdeling microbiologie van het CHU van Luik twee artikels ter publicatie ingediend op Nextstrain betreffende de situatie in België, een van de landen met de hoogste ruimtelijke dichtheid van geanalyseerde SARS-CoV-2-genomen. Een eerste artikel beschrijft een specifieke mutatie van het E-gen, die werd vastgesteld bij een klein aantal gezondheidswerkers in de provincie Luik, die allen een genetisch identiek virus hadden, wat wijst op een gemeenschappelijke bron van infectie. Op grond van hun onderzoek raden ze aan om de diagnostische PCR-tests te richten op minstens twee genen (in plaats van enkel tegen het E-gen als eerstelijnsscreening) om mogelijke mutaties van het virus niet over het hoofd te zien. Het onderzoek leert ook dat het goed zou zijn regelmatig een snelle sequencing uit te voeren van een subgroep van positieve stalen om de evolutie van het virale genoom van dichtbij te volgen en om een stijging van het aantal fout negatieve uitkomsten te vermijden. Een tweede artikel beschrijft meerdere onderzoeken uitgevoerd door Simon Dellicour, epidemioloog aan de ULB, uitgaande van de sequenties die werden bepaald door de laboratoria van de KULeuven en de Universiteit van Luik. Die studies hebben de invoering van meerdere virussen in het land aangetoond. Simon Dellicour heeft ook de verspreiding van de verschillende virusstammen in het land en met name in de provincie Luik (de provincie die het best wordt gedekt door sequencinggegevens) voor en na de lockdown gemeten aan de hand van de datum van de staalafname en de postcodes van de woonplaatsen van de positieve patiënten. Die gegevens tonen duidelijk aan dat de lockdown het gewenste effect heeft gehad en de verspreiding van het virus in de provincie Luik en in heel België sterk heeft afgeremd. Door verdere sequencing van het virus zullen de vorsers het effect van de geleidelijke versoepeling van de isolatiemaatregelen de komende weken kunnen volgen. En op grond daarvan kunnen dan weer de gepaste maatregelen worden genomen.(referentie: bioRxiv, 9 mei 2020, doi: 10.1101/2020.05.05.078758)