Van Assche specialiseerde zich in de gastro-enterologie, met een bijzondere interesse voor IBD (inflammatory bowel disease). Hij behaalde ook een bachelor in de wijsbegeerte (1988), is doctor in de medische wetenschappen (1998), en volgde vorig jaar een opleiding gezondheidszorgbeleid.

Sinds 2000 is hij verbonden aan UZ Leuven. Sinds 2015 is hij diensthoofd van de dienst maag-, darm- en leverziekten. Tussen 2013 en 2015 maakte hij deel uit van het directiecomité, waar hij klinisch operationeel verantwoordelijke was. Hij is ook deeltijds gewoon hoogleraar aan KU Leuven.

Johan Van Eldere stelde in maart zijn mandaat ter beschikking als hoofdarts van het ziekenhuis. Hij bekleedde die positie sinds 1 augustus 2014.